Тоқтар Әубәкіров 1946 жылы 27 шілдеде Қарағанды облысының Бірінші май ауылында туған. Ол бала кезінен ұшқыш болуды армандаған.

1961 жылы мектепте оқып жүрген кезінде парашют үйірмесіне қабылданған. Араға екі жыл салып, Қарағанды қаласындағы ұшқыштар даярлайтын үйірмеге ауысып, көмекші болып жұмыс істеген.

1988 жылы Тоқтар Оңғарбайұлы Кеңес одағында тұңғыш рет жерге қонбай, әуеде ұшаққа 2 рет жанармай құйдыру арқылы солтүстік полюске ұшу сапарын ерлікпен орындады.

1991 жылы 2 сәуірде Кеңес Одағы Ғарышкерлер даярлау орталығында ғарышқа ұшу дайындығына кірісіп, сол жылы 2 қазанда Байқоңырдан «Союз ТМ-13» кемесімен ғарышқа ұшты.

Осылайша Тоқтар Әубәкіров 45 жасында ғарышкер атанды.